Amintim ca Ioan il mustrase pe Irod pentru traiul lui nelegiuit cu Irodiada, care era sotia fratelui sau. In ura ei de moarte, Irodiada a sfatuit-o pe Salomeea, fiica ei, care dansase si placuse oaspetilor si indeosebi lui Irod, sa ceara de la acesta capul Botezatorului ca rasplata.Pentru ca se temea ca Botezatorul ar putea invia daca trupul ar fi fost ingropat alaturi de cap, Irod nu a dat ucenicilor decat trupul sfantului, care a fost ingropat in Sevastia. Capul a fost ingropat de Irodiada in curtea sa, la mare adancime.
Potrivit traditiei, Sfanta Ioana, femeia dregatorului lui Irod, este cea care a luat capul Sfantului Ioan Botezatorul din curtea Irodiadei si l-a ingropat la Ierusalim, in muntele Eleonului, intr-un vas de lut. Aceasta e socotita cea dintai aflare a sfantului cap. Dupa un timp, un proprietar bogat si slavit a crezut in Hristos, si lepadand pozitia sociala si toata desertaciunea acestei lumi, s-a facut monah luandu-si numele de Inochentie. Ca monah, el s-a salasluit chiar la locul unde se afla ingropat capul Botezatorului Ioan. Dorind sa-si zideasca o chilie, el a sapat adanc si a descoperit un vas de pamant in care se afla un cap, ce prin descoperire dumnezeiasca a aflat ca este al lui Ioan Botezatorul. El a cinstit cu evlavie acele sfinte moaste, apoi le-a ingropat la loc acolo unde le-a gasit.
Capul Sfantului Ioan Botezatorul a fost prezent aici pana in vremea Sfintilor Imparati Constantin si Elena, cand, prin doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, in Siria, la un olar. In anul 453, episcopul Uranie al Emesei, l-a asezat in biserica din aceasta cetate. Aceasta este socotita a doua aflare a cinstitului cap al Botezatorului.
In timpul luptei impotriva sfintelor icoane, capul Sfantului Ioan a fost ingropat la Comane, de unde a fost adus in Constantinopol, de catre Sfantul Ignatie (860), in vremea imparatului Mihail. Aceasta este cea de-a treia si cea din urma aflare a cinstitului cap.
