Au fost instituite următoarele comisii:
– pe probleme de teologie;
– pe probleme de administraţie bisericească şi mecanisme de punere în practică a sobornicităţii în Biserică;
– pe probleme de drept bisericesc;
– pe probleme de liturgică şi artă bisericească;
– pe probleme de viaţă de parohie şi practica parohială;
– pe probleme de organizare a misiunii bisericeşti;
– pe probleme de organizare a vieţii monahale şi monahismului;
– pe probleme de învăţământ teologic şi instruire religioasă;
– pe probleme de organizare a activităţii social bisericeşti şi filantropice;
– pe probleme de cooperare între Biserică, stat şi societate;
– pe probleme de contracarare dezbinărilor bisericeşti şi depăşirea lor;
– pe probleme de relaţiile faţă de eterodocşi şi alte religii;
– pe probleme de activitate informaţională a Bisericii şi relaţiile cu mass-media;
Din câteva comisii fac parte şi arhiereii Bisericii Ortodoxe din Moldova, astfel:
Mitropolitul Vladimir al Chişinăului şi al Întregii Moldove face parte din Comisia care se ocupă de întrebările privind Administraţia bisericească şi mecanismele de punere în practică a sobornicităţii în Biserică, Relaţiile faţă de eterodocşi şi alte religii.
Arhiepiscopul Iustinian de Tiraspol şi Dubăsari face parte din Comisia care se ocupă de întrebările privind Organizarea activităţii social bisericeşti şi filantropice.
Episcopul Marchel de Bălţi şi Făleşti face parte din Comisia care se ocupă de întrebările privind Organizarea vieţii monahale şi monahismului, Cooperare între Biserică, stat şi societate, Contracarare dezbinărilor bisericeşti şi depăşirea lor.
